@prefix ocrer: <http://purl.org/net/OCRe/research.owl#> .
@prefix owl:   <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
@prefix scires: <http://vivoweb.org/ontology/scientific-research#> .
@prefix xsd:   <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix skos:  <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> .
@prefix rdfs:  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix ocresd: <http://purl.org/net/OCRe/study_design.owl#> .
@prefix swo:   <http://www.ebi.ac.uk/efo/swo/> .
@prefix cito:  <http://purl.org/spar/cito/> .
@prefix geo:   <http://aims.fao.org/aos/geopolitical.owl#> .
@prefix ocresst: <http://purl.org/net/OCRe/statistics.owl#> .
@prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/> .
@prefix vivo:  <http://vivoweb.org/ontology/core#> .
@prefix event: <http://purl.org/NET/c4dm/event.owl#> .
@prefix vann:  <http://purl.org/vocab/vann/> .
@prefix foaf:  <http://xmlns.com/foaf/0.1/> .
@prefix c4o:   <http://purl.org/spar/c4o/> .
@prefix fabio: <http://purl.org/spar/fabio/> .
@prefix vcard: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#> .
@prefix thkoeln: <http://cris.nrw/hisinone#> .
@prefix vitro: <http://vitro.mannlib.cornell.edu/ns/vitro/0.7#> .
@prefix vitro-public: <http://vitro.mannlib.cornell.edu/ns/vitro/public#> .
@prefix rdf:   <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix ocresp: <http://purl.org/net/OCRe/study_protocol.owl#> .
@prefix bibo:  <http://purl.org/ontology/bibo/> .
@prefix obo:   <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix ro:    <http://purl.obolibrary.org/obo/ro.owl#> .

obo:BFO_0000031  a  owl:Class ;
        rdfs:label  "Bedingter Kontinuant"@de-DE , "Generically Dependent Continuant"@en-US , "Generically Dependent Continuant"@en .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/FF_001>
        <http://cris.nrw/hisinone/istForschungsfeldvon>
                <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/cite_20324-2>
        a       thkoeln:Zitat , owl:Thing .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324>
        a                         obo:BFO_0000002 , thkoeln:Artikel , obo:BFO_0000031 , foaf:Document , obo:IAO_0000030 , obo:BFO_0000001 , thkoeln:Journalartikel , owl:Thing , thkoeln:Publikation , bibo:Document ;
        rdfs:label                "The Impact of Nε-Acryloyllysine Piperazides on the Conformational Dynamics of Transglutaminase 2" , "RDF description of The Impact of Nε-Acryloyllysine Piperazides on the Conformational Dynamics of Transglutaminase 2 - https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324" ;
        thkoeln:URL               "https://www.mdpi.com/1422-0067/24/2/1650/pdf?version=1674103799" ;
        thkoeln:artikelnummer     "1650" ;
        thkoeln:dokumententyp     "Wissenschaftlicher Artikel" ;
        thkoeln:peerReviewed      "true" ;
        thkoeln:sprache           "englisch" ;
        thkoeln:status            "validiert" ;
        <http://cris.nrw/hisinone/hatForschungsfeld>
                <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/FF_001> ;
        <http://cris.nrw/hisinone/hatOrganisationseinheit>
                <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/10000159> ;
        <http://cris.nrw/hisinone/hatRessourceart>
                <http://cris.nrw/hisinone/RessourceText> ;
        <http://cris.nrw/hisinone/hatZitat>
                <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/cite_20324-1> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/cite_20324-2> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/cite_20324-0> ;
        <http://cris.nrw/hisinone/hatZugangsrecht>
                <http://cris.nrw/hisinone/OpenAccess> ;
        <http://purl.org/dc/elements/1.1/date>
                "2026-04-04T01:47:05"^^xsd:dateTime ;
        <http://purl.org/dc/elements/1.1/publisher>
                <https://fis.th-koeln.de/vivo> ;
        <http://purl.org/dc/elements/1.1/rights>
                <https://fis.th-koeln.de/vivo/termsOfUse> ;
        bibo:abstract             "In addition to the classic functions of proteins, such as acting as a biocatalyst or binding partner, the conformational states of proteins and their remodeling upon stimulation need to be considered. A prominent example of a protein that undergoes comprehensive conformational remodeling is transglutaminase 2 (TGase 2), the distinct conformational states of which are closely related to particular functions. Its involvement in various pathophysiological processes, including fibrosis and cancer, motivates the development of theranostic agents, particularly based on inhibitors that are directed toward the transamidase activity. In this context, the ability of such inhibitors to control the conformational dynamics of TGase 2 emerges as an important parameter, and methods to assess this property are in great demand. Herein, we describe the application of the switchSENSE® principle to detect conformational changes caused by three irreversibly binding Nε-acryloyllysine piperazides, which are suitable radiotracer candidates of TGase 2. The switchSENSE® technique is based on DNA levers actuated by alternating electric fields. These levers are immobilized on gold electrodes with one end, and at the other end of the lever, the TGase 2 is covalently bound. A novel computational method is introduced for describing the resulting lever motion to quantify the extent of stimulated conformational TGase 2 changes. Moreover, as a complementary biophysical method, native polyacrylamide gel electrophoresis was performed under similar conditions to validate the results. Both methods prove the occurrence of an irreversible shift in the conformational equilibrium of TGase 2, caused by the binding of the three studied Nε-acryloyllysine piperazides." ;
        bibo:doi                  "10.3390/ijms24021650" ;
        bibo:issue                "2" ;
        bibo:volume               "24" ;
        vitro:mostSpecificType    thkoeln:Journalartikel ;
        vivo:dateTimeValue        <http://cris.nrw/date2023> ;
        vivo:freetextKeyword      "conformational change" , "transamidase inhibitor" , "DNA lever" , "binding kinetics" ;
        vivo:hasPublicationVenue  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/journal_1748> ;
        vivo:relatedBy            <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-2> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-1> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-11> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-10> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-8> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-4> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-3> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-13> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-12> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-6> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-9> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-5> , <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-7> .

<http://cris.nrw/date2023>
        a       obo:BFO_0000003 , obo:BFO_0000008 , obo:BFO_0000001 , vivo:DateTimeValue , obo:BFO_0000148 , owl:Thing .

<http://cris.nrw/hisinone/OpenAccess>
        a           <http://cris.nrw/hisinone/Zugangsrecht> , owl:NamedIndividual , owl:Thing ;
        rdfs:label  "Open Access"@en-US , "Open Access"@de-DE .

obo:BFO_0000002  a  owl:Class ;
        rdfs:label  "Kontinuant"@de-DE , "Continuant"@en-US , "Continuant"@en .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-6>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/10000159>
        a           thkoeln:Organisationseinheit , foaf:Agent , obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000004 , obo:BFO_0000002 , foaf:Organization , owl:Thing ;
        rdfs:label  "Fakultät für Angewandte Naturwissenschaften" ;
        <http://cris.nrw/hisinone/istOrganisationseinheitVon>
                <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/cite_20324-1>
        a       thkoeln:Zitat , owl:Thing .

thkoeln:Artikel  a  owl:Class ;
        rdfs:label  "Artikel"@de-DE , "Article"@en-US .

obo:BFO_0000001  a  owl:Class ;
        rdfs:label  "Entität"@de-DE , "Entity"@en-US , "Entity"@en .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-5>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-13>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/cite_20324-0>
        a       thkoeln:Zitat , owl:Thing .

<http://cris.nrw/hisinone/RessourceText>
        a           owl:NamedIndividual , <http://cris.nrw/hisinone/ArtderRessource> , owl:Thing ;
        rdfs:label  "Text"@de-DE , "Text"@en-US .

bibo:Document  a    owl:Class ;
        rdfs:label  "Dokument"@de-DE , "Document"@en-US , "Document"@en .

owl:Thing  a    owl:Class .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-4>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-12>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

thkoeln:Journalartikel
        a           owl:Class ;
        rdfs:label  "Journal Article"@en-US , "Journalartikel"@de-DE .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/journal_1748>
        a                         thkoeln:Zeitschrift , obo:BFO_0000002 , obo:IAO_0000030 , bibo:Journal , obo:BFO_0000001 , bibo:Collection , owl:Thing , bibo:Periodical , obo:BFO_0000031 ;
        rdfs:label                "International journal of molecular sciences" ;
        vivo:publicationVenueFor  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

obo:IAO_0000030  a  owl:Class ;
        rdfs:label  "Entität für Informationsinhalt"@de-DE , "Information Content Entity"@en-US , "Information Content Entity"@en .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-3>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-11>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-9>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-10>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-2>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-8>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

thkoeln:Publikation  a  owl:Class ;
        rdfs:label  "Publikationen"@de-DE , "Publications"@en-US .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-1>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .

<https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/aut_20324-7>
        a             obo:BFO_0000001 , obo:BFO_0000020 , vivo:Authorship , vivo:Relationship , obo:BFO_0000002 , owl:Thing ;
        vivo:relates  <https://fis.th-koeln.de/vivo/individual/publ_20324> .
